在台南府城的宣教大門看似被謠言關上了，不過上帝總是會為人再開另外一道門。馬雅各一行人逃到英國領事館保護的旗後（今高雄旗津），他們先租下一間店面，由杜嘉德牧師主持禮拜，繼續行醫傳教。隔年馬雅各在旗後山腰買地建立醫館和禮拜堂「打狗禮拜堂」禮拜堂後方容有一個納八張病床的獨立空間，即現今「旗後教會」的前身。當時的打狗已經成為國際通商口岸，由於清朝政府和英法兩國簽訂天津條約，台灣必須開放打狗等港口，允許外國通商和傳教，不但有各國領事館進駐，也有來自世界各地的外國人士，當地民眾對外來文化漸漸能包容，對馬雅各的接受度也相對提高，讓他能安定工作，擴展事工。

其實早在西元1865年，馬雅各考察台灣的宣教環境時，就曾經在台灣府海關的朋友必麒麟先生（Pickering）的帶領下前往台南東北山區（現今新市、崗仔林一帶），拜訪平埔族的村落，他發現樸實的原住民，比漢人更能夠接受福音，這幾次的探訪大受平埔族人歡迎。馬雅各在台南府城的傳教工作遭逢挫折時，轉向平埔族人宣揚福音，他傳福音的腳蹤遍及平埔族各部落。為了向平埔族展開醫療宣教，馬雅各花許多心力，短短幾年，馬雅各設立了三個宣教區。其中有兩個平埔族與馬雅各有密切的接觸，分別為西拉雅平埔族（Siraya）與巴宰平埔族（Pazeh）。西拉雅平埔族人分散木柵、內門、柑仔林、崗仔林、拔馬及頭社一帶，即是府城東方山崗教區。曾經有兩名來自內門鄉木柵的西拉雅少女，她們受雇於馬雅各的家中幫忙家務。她們每隔兩週就與馬雅各一同拜訪平埔族的部落，協助當地改善衛生，並且指導婦女閱讀羅馬拼音文字，激起原住民火熱的心建立教會，教勢日漸增長。巴宰族原本不肯接受福音，卻因為巴宰族的部落頭目的腳部意外受了槍傷，經必麒麟先生介紹，在馬雅各醫師無私治療之下，順利康復，而使福音藉著愛而進入巴宰族人心中，決定接收基督教的信仰，進而打開了大社、埔社、內社、牛眠山及大浦等地，成為台灣中部山地教區。馬雅各醫生就在二老口醫館禮拜堂著手開設信徒造就班，在嘉南平原的竹仔腳一帶開拓傳道，是為嘉南平原教區。

馬雅各除了醫療之外，在教育方面也是貢獻良多，由於當時的信徒大多沒有受過漢學教育，因此他們不認識字，無法閱讀當時用中國古文的翻譯的《文理聖經》。馬雅各為了要培育信徒讀聖經，他使用羅馬字拼出台灣話，著手翻譯新約全書，不過最後得以順利出版是由於巴克禮牧師（Thomas Barclay）接續翻譯工作。1880年，當時人已經在英國的馬雅各奉獻給台灣第一台印刷機，並由巴克禮牧師著手拼裝而成，並且教導台灣人使用，發行了台灣報業史上第一份報紙《台灣府城教會報》。1871年11月，馬雅各離開台灣返回英國，他所建立的宣教事工由後面來的宣教士傳承下去，他的二兒子馬雅各二世也在1900年來台灣繼承父業，主持現今的新樓醫院。聖經說：「傳福音的人，他們的腳蹤多麼佳美！」（羅馬書10章14-15節）願所有為上帝國撒下的福音種子，都能發芽、生長、結實，願上帝再次親手延續台灣基督 長老教會 下一個宣教一百五十週年。（全文完）

參考資料：

潘稀祺，《台灣宣教之父：馬雅各醫生傳》，台南：新樓醫院，2004。

陳儀智，〈台灣宣教之父－馬雅各醫生〉，《新使者雜誌》第54期，1999年10月。

陳永興，《台灣醫界人物誌》，台北：望春風文化，2004。

上次修改於 2014-12-21